クロ、大黒天、大国神、そして慶太……神と人の命運を賭けた闘いは、ついに大団円へ。

富士の樹海に隠された獅子神一族の『清き処』。中心に座する磐座『核なる霊石』はサウザンドの化身、彼女自身がその身を変じ、古の神々『真性』三柱を封じたものだった……。ついに甦り、全人類を滅ぼさんとする『真性』。慶太とクロの最後の戦いが始まる。富士山の大噴火は阻止できるのか!? そしてクロと慶太の運命は……!?